Mädchen ist ein Diminuitiv, und die sind in Deutsch immer im Neutrum. Der Baum, das Bäumchen. Die Sonne, das Sonnenchen.

Genauso ist es das Bübchen, das Jungchen. Das Mädchen kommt soviel ich weiß von die Maid, ein Wort welches nicht mehr in Gebrauch ist.