Mein Chemiewissen ist zugegebenermaßen jetzt auch nicht so strahlend und ich kenne mich jetzt auch nicht gut mit den Unterschieden zwischen verschiedenen Säuren aus. Ich habe aber eine kurze Infobroschüre von MicroChemicals zum Si/SiO2 ätzen gefunden. Die beliefern ganz viele Forschungseinrichtungen mit Chemikalien für Halbleiterfertigung und haben immer ganz gute Infos und in der Broschüre steht:

Hydrofluoric acid (HF) is the only wet-chemical medium with which SiO2 can be isotropically etched at a reasonable rate.

Hilfreich ist dabei auch, dass reines Silizium wiederum sehr schwach von HF geätzt wird (hohe Selektivität). D.h. dass du sehr gezielt diese amorphe Oxidschicht entfernst, den Kristall darunter aber nicht schädigst. Fürs Ätzen von reinem Silizium wird dieses häufig oxidiert, um dann das entstandene SiO2 zu entfernen. Was noch eine Option wäre, wäre wahrscheinlich ein Plasmaätzschritt. Das geht entweder auch mit chemischer Reaktion oder physikalisch, indem du einfach mit relativ schweren Edelgasatomen die oberen Atomlagen wegballerst (“Sputterätzen”). Das ist aber wenig selektiv, frisst ne Menge Energie und kann die Oberfläche beschädigen. Außerdem ist das ein anisotroper Prozess, d.h. ich ätze in eine Richtung wesentlich stärker als in die andere. Das ist nicht immer gewollt.